Специалистами инжиниринговой компании «Нептун-Судомонтаж» разработаны и внедрены следующие технологии:

1. Технология капитально – восстановительного ремонта стеклопластиковых конструкций типа «сэндвич». Данная технология широко применялась при капитально – восстановительном ремонте АКВП «Гепард» пр. 18800.
2. Технология создания долговечного облегченного разборного остекления скоростных судов, стойкого к воздействию динамических нагрузок и больших перепадов температур.
3. Технологический комплекс создания подъемно-движительных комплексов и трансмиссий амфибийных катеров на воздушной подушке. Данный технологический комплекс был внедрен и применялся в течении многих лет при постройке амфибийных катеров на воздушной подушке проектов 18800 «Гепард», 18802 «Пума», 15060 «Ирбис», 18800М «Гепард» модернизированный, 18802М «Пума» модернизированный и других.
4. Технологический комплекс создания облегченных судовых интерьеров из ценных пород дерева, стойких к отрицательным температурам. Первые интерьеры, созданные по данной технологии, перенесли уже более 12 зимовок при отрицательной температуре, без каких бы то ни было повреждений и утраты целостности элементов.
5. Технологический комплекс создания надстроек и рубок малотоннажных судов в виде многослойной оболочки на металлической матрице. Надстройки и рубки, созданные по этой технологии уже более 10 лет серийно применяются на АКВП «Хивус-6», «Хивус-10» компании «Аэроход» и многих других судах.
6. Технологический комплекс проведения капитально – восстановительного ремонта амфибийных катеров на воздушной подушке в полевых условиях. В период с 1999 по 2005 год по этой технологии неоднократно проведен капитально– восстановительный ремонт АКВП пр. 18800 «Гепард» различных модификаций в Европейской части РФ от Архангельска до Калининграда.
7. Проектно – технологический комплекс создания скоростных судов с повышенной весовой эффективностью. Комплекс первоначально внедрен при создании многоцелевого катера переходного режима пр. 82340 «Идель». В дальнейшем этот проектно – технологический комплекс применен при создании ряда других судов, в том числе в проекте «Скоростной катамаран для Москвы». Данный комплекс позволяет создавать экономичные суда и корабли, в том числе скоростные, с высокими тактико-техническими и эксплуатационными качествами.
8. Инструментально – программно – технологический комплекс оценки технического состояния корпуса судна из композиционных материалов в процессе эксплуатации. Данный комплекс позволяет определять техническое состояние корпуса судна из композиционных материалов с использованием результатов неразрушающего контроля по определению внутренних дефектов типа «расслоение» и «осмос». В дальнейшем комплекс позволяет с помощью программных средств производить расчеты прочности элементов конструкции, содержащих дефекты типа расслоение, а также определять предельно допустимые размеры дефектов. Элементы комплекса внедрены в системах органов, осуществляющих технический надзор за судами. Решения, используемые в комплексе, защищены Патентом РФ № 2354964.